根据职责,中心下设13个处室,分别是办公室、计划财务处、技术标准处、体系建设处、耕地质量监测检测处、耕地质量评价保护处、耕地质量建设指导处、补充耕地质量鉴定指导处、补充耕地质量鉴定监督处、农田建设项目指导处、农田建设验收评价处、农田工程质量检验处、农田工程质量监督处。